慢性结肠炎包括一大类疾病，通常有人把慢性腹泻诊断为慢性结肠炎，而慢性腹泻的原因有很多，所以治疗差别很大。
如慢性感染引起的腹泻，根除了感染的病因是主要治疗方法。如阿米巴肠病使用药物治疗后病情能快速好转；如溃疡性结肠炎，治疗是长期的，根据疾病是活动期还是缓解期，活动期轻重程度的不同，治疗的方法也不同。
活动期轻度患者可使用氨基水杨酸制剂进行治疗。中重度患者需要糖皮质激素或者生物制剂治疗。当疾病症状缓解不能停药，需要维持治疗，维持治疗可以用氨基水杨酸制剂或者生物制剂或免疫抑制剂治疗，而不能用糖皮质激素维持。
