儿童长期消化不良的危害主要是出现营养不良、生长发育落后，甚至是智力落后、反复感染等。
儿童长期消化不良主要会影响肠道对营养物质的吸收，从而出现营养不良的情况。儿童出现营养不良后，免疫功能就会下降，容易出现反复感染，反复感染又会导致营养不良的发生，从而出现恶性循环，甚至可能会影响智力的发育，建议尽早进行干预处理。首先需要明确导致消化不良的原因，其中最常见的原因是肠道功能紊乱以及肠道菌群失调，可以适当服用肠道微生态调节剂调节肠道菌群。同时，还需要去除病因，比如尽量避免长期服用抗生素以及免疫抑制剂、糖皮质激素等。
