新生儿母乳性腹泻可以暂时观察，必要时暂停母乳喂养以及适当服用对症的药物进行治疗。具体治疗与导致新生儿母乳性腹泻的原因以及严重程度有一定关系。
新生儿母乳性腹泻大部分与母乳中蛋白过敏以及不耐受等有一定关系，轻微的可以暂时观察。因为随着新生儿年龄的增加，肠道功能逐渐完善，可能会自行耐受，腹泻症状可以明显的改善。其次，需要警惕母乳被污染而导致的腹泻，一般会有大便次数明显增多以及大便表面有黏液、血液等，必要时进行大便常规检查明确。如果存在细菌感染，建议尽早进行抗感染治疗。同时，在喂养前需要清洗双手以及乳头，也可以明显降低发生胃肠道感染的概率。
