急性肠胃炎和慢性肠胃炎，当主要病因指的是感染性时，它们的区别可以从临床症状以及病程方面进行叙述。
急性肠胃炎容易在短时间内发病，其临床症状会较为剧烈，患者会出现上吐下泻、腹痛、腹胀、发热以及脱水等临床症状，通过积极治疗，病情在1~2周内多可以完全治愈。慢性肠胃炎发病期间患者容易出现各种消化不良表现，比如食欲不振、恶心、嗳气、轻微腹痛腹胀、大便不成形、消瘦等临床表现。上述症状在长时间内容易反复出现，其病程可以达到数月或数年之久，不容易完全根治。
慢性肠胃炎的发生多考虑和急性肠胃炎没有完全治愈有关，是因为炎症和人体的免疫力形成了一种长期平衡状态而引发的临床疾病。另外慢性感染性肠胃炎应与炎症性肠病、肠结核等进行鉴别。
