肝胆管结石术后是否会复发取决于导致肝胆管结石的诱发因素是否解除，因此跟手术方式的选择有很大关系。如果肝内胆管结石位置较高，同时伴有肝脏的纤维化、硬化、萎缩甚至恶变，则往往会采取肝切除的手术方式，这种方式将病变的胆管一并切除，往往术后复发概率会较低，除非其他地方再长出结石。另一部分病人由于结石位置较低，往往通过胆道镜取石的方法取出结石，如果这部分病人胆管存在狭窄，而又没有进行相应的胆道成形，则术后很容易再次长出结石。
