甲状腺过氧化物酶抗体阳性提示病人患有自身免疫性甲状腺炎，主要根据症状进行对症治疗。由于甲状腺过氧化物酶抗体是甲状腺相关抗体，因此它的阳性代表了甲状腺组织的损伤，导致出现甲状腺功能异常的表现，具体可体现为甲亢或是甲减的症状，治疗上使用甲亢的药物和甲减的药物即可。患者也可能无明显症状，这类患者一般无需治疗。另外，甲状腺过氧化物酶阳性还会有导致妊娠流产的不良后果，因此对于妊娠的妇女要特别注意，尽早根据患者的表现，应用甲状腺激素的替代药物或是抗甲状腺的药物是治疗的关键。
