甲减的预后常存在较大的差异。通过一些积极的措施，例如限制碘的过量摄入、改善生活方式（包括控制体重、戒烟等）都可以显著地改善甲减患者的临床预后。如果能够及时的进行诊治，遵医嘱维持用药，定期观察甲功、血脂、心功能等，维持正常的甲状腺功能，患者的预后是良好的。甲减危象是甲状腺功能低下最严重的状态，给予积极治疗后仍有相当高的病死率。甲减危象患者常合并多器官的功能不全。高龄、持续低体温和心动过缓的甲减危象患者提示预后较差。
