先天性无精子症如为梗阻导致的，如果能解除梗阻可有治愈的希望。但如果是精道的发育不良或者缺如，如双侧输精管缺如等就只能通过辅助生殖技术来获得后代了。
所以在治疗前要检查清楚，了解原因才能评估治疗手段和治疗价值，如有部分患者是染色体异常所致，正常人只有46条染色体，但患者多了一条X染色体，为柯氏综合征或47XXY，一般这类患者的睾丸都比较小，小于3ml，药物治疗效果就不明显。想要解决生育问题，可通过显微镜找到精子，寻求辅助生殖技术的帮助。
如果是先天性Y染色体微缺失的患者，包括A区、B区和C区的缺失，对A区和B区缺失的患者，大部分是无法治好；C区缺失的患者通过显微取精技术，有的也找不到精子，需通过试管婴儿生育后代。
