宝宝睡觉时咳嗽的原因如下:1、呼吸道感染。病原体及痰液等分泌物刺激鼻咽部的黏膜,导致宝宝出现咳嗽症状,咳嗽可以帮助排出呼吸道的分泌物。2、胃食管反流。宝宝的贲门括约肌尚未发育完善,晚饭饮食过多,胃中的食物就会反流入食管,刺激咽喉部,导致宝宝睡觉时出现咳嗽。3、夜间迷走神经兴奋,会导致支气管痉挛,分泌物增多,容易出现夜间咳嗽。4、过敏。室内的螨虫、各种气味、动物皮毛,均会导致宝宝过敏,引起过敏性的咳嗽。5、鼻滴漏综合征。夜间鼻涕倒流刺激咽部出现咳嗽,尤其是在鼻炎鼻窦炎时。