小儿巨结肠术后的并发症可能会有以下几点：第一、小肠结肠炎，此类并发症可能在手术后的近期或者远期都可发生。第二、术后近期的并发症表现为腹腔感染、切口感染、发热、腹泻、肠管回缩、肠管脱垂等。第三、远期并发症表现为肛门控制障碍、排便困难、污粪等。儿童巨结肠主要是由于结肠或者直肠远端无神经节细胞导致痉挛性收缩，从而导致便秘。其发生的原因目前尚不明确，可能与怀孕早期细菌或病毒感染，环境中有毒物质，放射性因素等影响有关。部分病例有家族史。
