精准肺段切除术后也可以出现后遗症，较常见的就是术后肺局限性复张不良和术后肺功能下降。
精准肺段切除术中关键步骤之一为精准的段间平面分离。目前临床上较多是应用直线切割缝合器沿肺段间交界进行分离，其最大的缺陷为切缘肺组织的过度压榨，在切割缝合过程中原本宽广的肺段间交界面被压榨成线形，相邻肺段切缘的肺组织难以复张，术后CT复查可见术野局灶性实变肺组织；同时位于交界面的段间静脉往往被切断或被压迫，导致相邻肺段的静脉回流受影响，以上因素均可造成肺局限性复张不良。另外，由于术后肺组织的减少，以及部分肺复张不良，相较与正常人群，术后患者呼吸功能亦有不同程度的下降。
