胆管癌手术分为微创手术和传统开腹手术。
大多数胆管癌患者是采取传统的开放手术进行，如果是在肝门部位的胆管癌，可称之为肝门胆管癌根治术，如果是在中下段的胆管癌，可进行胰腺、十二指肠根治性切除术。
微创胆管癌根治术的操作则相对较为复杂，在进行腹腔镜下手术时，首先要做气腹，在腹腔中需打入二氧化碳，此种气体进入后可使腹腔压力升高。在腹腔压力升高的状态下进行手术，不排除会导致肿瘤扩散或转移，所以此种方法在临床上应用较少。另外肝门部的胆管癌由于结构关系较为复杂，若进行此项微创手术，对于医生的操作水平要求也较高。
