肛门镜和肠镜的区别，主要在于所观察的范围不同。
1. 首先肛门镜比较短，主要用来检查直肠下段和肛管疾病，观察有无直肠的病变和肛门周围黏膜的病变，比如是否有痔疮、直肠的炎症、直肠肿瘤、肛裂、肛瘘等。肛门镜不能看到上段直肠以及结肠的病变。
2.结肠镜则可以观察到包括肛门、直肠、以及全部结肠，另外也可以观察部分回肠末端的小肠病变。
3.通常如果仅仅考虑患者为肛周病变，比如痔疮，肛裂等，可以选择做肛门镜，操作比较简单，一般是在肛肠科进行检查。 如果患者的临床症状，不能除外肠道内的病变，则建议尽量做结肠镜检查，一般在消化科做检查。结肠镜不仅可以观察整个结直肠，还可以对发现的病变进行活检，或是做内镜下微创手术治疗。
