肝囊肿需要根据肝囊肿的大小来选择不同的手术方法进行去除。如果肝囊肿是直径大于5厘米以上范围的囊肿，一般无任何症状，不需要特别关注，这类肝囊肿没有危害，也不需要进行处理。如果肝囊肿大于5厘米有局部不适症状或者囊肿巨大，达10厘米，就应该考虑进行外科的干预，囊肿的处理根据大小、位置可以选择采取穿刺引流联合囊内药物注射来进行控制。也可以进行手术处理，这类手术多采取微创手术进行，比如腹腔镜手术，这类手术对患者的创伤小，患者能够早期快速恢复。
