肝内胆管结石需要和以下疾病做区分：
第一、肝内的钙化灶。肝脏的非特异性钙化通常在B超检查时和肝内胆管结石表现较为相似，但是肝内的钙化灶通常没有相应的胆管扩张情况，容易和肝内胆管结石混淆。
第二、胆囊结石。通常此类疾病是胆固醇结晶，在进食油腻食物或者吃的过饱之后，会出现胆绞痛，做B超可见胆囊内结石的强回声影，可以以此和肝内胆管结石做区分。
第三、肝外胆管结石。患者出现此类病症也会有腹痛、黄疸、高热等和肝内胆管结石相似的症状，但是做B超、核磁共振等影像学检查时，可显示结石的大小以及发生的部位，从而可以明确鉴别。
