肝内胆管结石不属于好治的疾病。
一、因为肝内胆管结石走形较为复杂，做手术治疗时，操作也有很大难度，有的患者发病时若有严重并发症，预后效果不佳，甚至可能发展为更严重的病症，例如胆管癌、合并肝硬化甚至肝功能衰竭等，需要复杂肝切除术甚至肝移植治疗。
二、肝内胆管结石的患者，可以通过胆管镜治疗，可以在影像学或超声的辅助下，使用细针经皮肤穿刺，直接进入胆管内，将胆管内部的结石取出，通常此方法用于治疗没有狭窄的双侧肝内胆管结石、多次手术后复发等手术风险较高的患者。而其他的患者，还可通过传统的开腹手术直接治疗。
