胃肠道间质瘤包括手术切除和药物靶向治疗。直径＜1厘米的小胃肠道间质瘤大多通过胃镜或结肠镜检查发现，一般无症状，可定期随访胃镜观察其变化即可，也可以胃镜或结肠镜下ESD手术切除。
1.对于体积比较大或者出现明显症状的人群，一般建议手术切除，包括内镜下ESD手术、腹腔镜手术和开腹手术。≤2cm的间质瘤可以内镜下切除，≤5cm的间质瘤可以腹腔镜手术切除，肿瘤体积较大或位于困难手术部位的需要开腹手术，手术中一定要保持肿瘤完整，一旦破裂，手术后容易种植转移和复发。
2.靶向药物治疗。传统化疗对胃肠道间质瘤无效者；无法使用手术的病人，可起到控制其病情进一步发展的效果，还可以用于手术后的病人，预防其病变复发。
