颅内动静脉畸形术后后遗症与血管畸形的位置有关。如果动静脉畸形位于大脑浅表位置或脑内非功能区，术后一般不会出现明显后遗症；若动静脉畸形位于大脑的重要功能区或颅脑深部区域，对脑的创伤比较大，术后可能造成偏瘫、行走不稳或癫痫发作等后遗症。若病灶区域在额叶，术后有可能出现精神异常等；
如果畸形血管位置较深、血管团直径大、处在大脑关键部位，这种极端病例手术风险远大于自然病程的风险，建议保守治疗。
介入治疗脑动静脉畸形是目前治疗的重要手段。研究显示，脑动静脉畸形的介入治疗可为手术治疗提供辅助作用，可减小术中出血风险，减少后遗症的发生。
