胃间质瘤的严重程度跟其分期相关，早期胃肠间质瘤手术后一般是可以治好的，较大肿瘤、恶性程度高、有转移时难治愈。胃肠间质瘤存在由良性向恶性发展的可能。对于微小胃肠间质瘤（直径≤1cm）和小胃肠间质瘤（直径≤2cm），临床上常常呈现良性或惰性经过，少数具有侵袭性。医生需要综合评估患者肿瘤原发部位、肿瘤大小、核分裂象计数及肿瘤破裂等情况。能够完整切除者，首先手术处理。目标是尽量争取R0切除，术后切缘阳性者，可结合分子靶向药物治疗。有复发和转移的患者，具体分析情况，制定具体的治疗方案。
