对于无症状且无并发症的单纯性肾囊肿的患者不需要治疗，如果出现疼痛、尿路梗阻、感染、出血、高血压、肿瘤、有破裂可能或已破裂的囊肿要尽早进行有效治疗。
肾囊肿暂无特效药物治疗，主要是采用手术治疗。直径在5cm以上的肾囊肿，可考虑进行肾囊肿穿刺硬化治疗，穿刺抽液并注入硬化剂如无水乙醇以防止复发，但是肾盂旁囊肿及与肾盂相通的肾囊肿不宜行囊肿穿刺术及硬化剂治疗。如果发现直径大于5cm的囊肿、有可能癌变的囊肿或穿刺治疗后又复发的囊肿最好进行外科手术治疗。
