输尿管结石的治疗可以选用药物排石或手术排石的方式。
当输尿管结石的直径小于6mm，结石表面光滑且结石以下无尿路梗阻时，可采用药物排石治疗的方法。不同性质的结石，所采用的药物也不同，例如对于尿酸结石、胱氨酸结石采用的是溶石药物，对于感染性结石采用的是控制感染、酸化尿液的药物。在此过程中，患者还应大量饮水。
对于需要进行手术碎石治疗的患者，当结石直径不超过2cm，且为上段输尿管结石时可采用体外冲击波碎石；对于较大的上段输尿管结石可采用经皮肾镜碎石取石术；对于中下段输尿管结石的患者可行输尿管镜取石术；上述方法失败或结石大于2cm，可考虑行腹腔镜输尿管取石术。
