对于不可自行消除的胰腺囊肿多采用手术治疗，手术又可分为囊肿切除术和胰腺部分切除术、囊肿内引流术、囊肿外引流术等。
手术前常需要通过B超、CT、核磁共振等手段对囊肿进行评估，假性囊肿一般先给予药物治疗，无法控制继续增大的，考虑手术切除或囊肿内引流手术。囊肿和胰腺部分切除术适用于真性囊肿和囊腺瘤患者；面对囊壁成熟纤维化的假性囊肿，多采取囊肿内引流术，利于缝合；囊肿外引流术适用于囊壁脆薄，继发感染的假性囊肿，此方法简单，引流所需时间长；腹腔镜手术可进行囊肿切除术，但是此方法进行胰腺囊肿手术在临床上尚未广泛使用。
