肝内胆管结石发病的原因与胆道的细菌感染、寄生虫感染和胆汁滞留有关。感染是导致结石形成的主要因素，感染的原因常见的是胆道寄生虫感染和复发性胆管炎，多数肝内胆管结石病病人的胆汁培养均可检出细菌；感染细菌主要来源于肠道，常见的细菌是大肠杆菌和厌氧菌。此外，胆道结构异常也是引起肝胆管内结石的重要原因。感染发生时，细菌能够分泌多种酶进而促使结合型胆红素水解生成游离胆红素而沉着。但胆汁滞留是形成肝内胆管结石的必要条件。肝内胆管结石可无症状，但当出现上腹部或者胸背部不适时，需及时就医。
