肝囊肿的治疗方式取决于其是否合并临床症状，一般无临床症状的患者无需特殊处理。
肝囊肿按照其分布，可以分为单发性和多发性。一般先天性肝囊肿无任何临床症状，多在体检时发现，通常无需做特殊临床处理，定期复查即可。若肝囊肿生长速度较快，且具有压迫症状，如饭后恶心呕吐、右上腹出现不适感，可以选择B超穿刺注射无水酒精治疗，主要是通过酒精浸泡囊壁使上皮细胞脱水、变形、坏死并丧失分泌功能，继而囊壁皱缩粘连，最终囊肿消失。部分B超穿刺治疗效果不佳的，可以考虑手术治疗。手术通过微创行“开窗术”切除囊肿壁。手术治疗后，也有复发的可能性。
