心脏造影是一种创伤性检查，因此有一定危害。做造影时需要穿刺动脉后将导管和导丝，通过动脉放置到主动脉根部的冠状窦口，注射入造影剂后显影血管，明确冠脉狭窄情况。在这一系列操作过程中会有血管出血、血肿、动脉瘤形成，存在动脉闭塞、血管穿孔、感染风险。造影剂注射可引起急性或迟发过敏反应，如果冠脉开口存在钙化或狭窄病变，注射造影剂时力度过大速度过快，可造成血管夹层，严重情况下危及生命。此外，造影过程都需要在X线下进行，有放射性损伤，因此必须慎重考虑。
