血脑屏障对于脑胶质瘤的治疗是有不利影响的，因为虽然化疗药物非常多，但是能够透过血脑屏障的化疗药物是很少的，血脑屏障导致大部分药物无法进入脑内，所以很多化疗药物对于脑胶质瘤是起不到明显效果的，只有极少数能够透过血脑屏障的化疗药物可以起到效果。针对脑胶质瘤来说，最常用的化疗药物是新型烷化剂类抗肿瘤药物，可以在脑内有良好的药物浓度。
另外针对脑胶质瘤来说，药物治疗只是其中一方面，首选的治疗办法还是进行手术切除，肿瘤术后可以进行放射治疗，配合化疗来延缓肿瘤的发展。
