肾小管酸中毒部分多数不能自愈，少数病例可以自愈，如：新生儿肾小管酸中毒，由于某种病因引起的一过性肾小管损害，随着肾脏发育完善后肾小管细胞修复或再生而逐渐自愈。
能否自愈关键在于发生肾小管中毒的原因，如果是肾实性疾病引起了肾功能慢性损害，则难以自愈，即使治疗后也可能难以达到治愈的状态，如：遗传性肾小管疾病中的范可尼综合征。
当有肾小管受损时，应尽量及时到医院规范诊治，不要盲目的任其进展或希望自愈延误治疗时机而导致无法弥补的后果。早期发现和早期去除病因及治疗，可能可以得到恢复和减少损害。
