胃间质瘤手术的方式主要是根据病变大小、危险度分级的不同选择内镜下治疗，腹腔镜手术治疗或开放性手术治疗。
对于直径较小的胃间质瘤患者来说，由于危险度分级低，一般不具有恶性肿瘤的生物学行为，单纯通过内镜下切除即可达到良好的治疗效果。
而对于病变较大、危险度分级较高的患者来说，根据其腹腔内有无明显粘连、手术的难易程度等，可选择腹腔镜下切除或开放性手术治疗，但是无论是上述哪种手术治疗方法，由于病变极少出现淋巴转移，所以，一般无需给予淋巴结的清扫。
而对于危险度分级高的患者，在存在基因突变的情况下，除手术治疗外仍需给予靶向药物治疗。
