胃间质瘤和胃癌的鉴别诊断主要是前者有可能为良性，并起源于间叶源性来源。而后者一定为恶性，主要起源于上皮组织来源。
胃间质瘤是一种常见的来源于间叶源性的胃部肿瘤，并且如果病变直径较小、核分裂数目较少的情况下，患者危险度分级较低，通常情况下认为其为良性肿瘤，单纯通过外科手术治疗后，可达到治愈。
胃癌是胃黏膜上皮组织病变的胃部恶性肿瘤，可通过病理活检来明确诊断。并且对于部分早期及进展期的胃癌患者，手术治疗后不能达到治愈的可能，只能通过手术及其他综合性治疗，延长患者的生存周期。
