恶性胃肠道间质瘤的病因主要是其分子生物学中某些基因发生突变后，引起酪氨酸激酶受体持续活化，从而刺激肿瘤细胞持续增殖所导致。
正常情况下，胃肠道间质瘤即存在核分解的情况，但是由于核分裂数目较少、病变亦较小，所以其危险度分级较低，这种情况下为良性病变，通过外科手术切除后，可达到完全治愈。
但是随着病情的进展和核分裂数目增多，基因突变后导致的肿瘤细胞持续性的增殖，这种情况下就类似于恶性肿瘤的细胞无限增殖，所以就具有了恶性肿瘤复发或转移的生物学特点。
