新生儿脱发的原因常见为枕秃，是指枕后的脱发。因为婴儿总是在床上躺着，头皮接触枕头。如果出汗过多，导致局部环境过于潮湿，会出现瘙痒。由于婴儿不会抓挠，不会诉说，需通过摩擦来改善瘙痒不适，就很容易发生枕秃。
部分新生儿发生脱发，也可能是梅毒螺旋体感染，而出现的梅毒性脱发。
极少数新生儿脱发可能是先天性遗传性脱发。另外还要警惕是否因某种遗传性疾病而导致，比如先天性外胚叶发育不良或先天性少毛症等。虽然此种情况临床上比较少见，但依然要做详细检查来排除。
