颅咽管瘤和垂体瘤虽然多为良性肿瘤，但存在很多区别。
首先两者起源不同，颅咽管瘤主要起源于颅咽管上皮细胞或rathkes囊的残余组织。垂体瘤主要起源于垂体的腺细胞或颅咽管残余细胞。
两者的好发人群也不同，颅咽管瘤好发于儿童和中老年，垂体瘤好发于青壮年。
两者的症状也存在区别，颅咽管瘤的主要症状为垂体功能低下和视野缺损，而垂体瘤有不同类型，无功能性垂体瘤可以导致垂体功能低下，而功能性垂体瘤可以出现垂体分泌激素过多的症状。
两者在影像学上也存在差别，颅烟管瘤主要表现为囊实性占位，有部分可以存在典型的蛋壳样钙化症，而垂体瘤多为实性。
