由于肝细胞癌这种疾病对放化疗的效果不明确，所以说对于肝门部肝细胞癌的患者来说，其最主要的治疗方法是根据具体病情的不同选择外科手术、肝移植、介入栓塞、肿瘤消融及对症支持治疗等方法为主。
对于肝门部肝细胞癌的患者来说，在可以手术的前提下，优先选择外科手术治疗，切除部分肝脏及部分肝外胆管。并且对符合肝移植手术指征的患者来说，可以选择肝移植治疗。
如果已经失去手术指征，可以选择超声引导下肿瘤消融治疗、经肝动脉或门静脉区域化疗或肝动脉化疗栓塞治疗，此外还可给予靶向药物治疗、中医中药治疗等综合性治疗来延长患者的生存周期。
