慢性结肠炎主要的治疗方法是保守治疗，仅有少数暴发型患者或是内科治疗不见效果的患者需进行手术治疗。
想要治疗慢性结肠炎，必须先找到明确的病因。治疗的前提是尽可能不使胃黏膜受损，同时使用药物将肠道内的病原体清除，以达到缓解症状治疗疾病的目的。
如果患者症状比较严重，比如出现大出血、结肠出现穿孔或中毒症状等，经过药物治疗无效者、病情已造成患者肠梗阻、慢性结肠炎反复发作以致恶化，应使用手术治疗慢性结肠炎。
中医治疗慢性结肠炎效果也是比较好的，患者可以去医院寻求专业医生的指导，针对病因及症状进行药物的配伍调理。
