新生儿甲状腺功能低下的治疗主要是及时补充甲状腺素等。
如果是新生儿暂时性的甲状腺功能低下，主要是受到母亲体内激素水平影响，可以暂时观察，不需要特殊处理，大部分可以自愈。如果是先天性甲状腺功能低下，建议尽早补充甲状腺素进行治疗，而且是需要终生使用药物，尽量避免自行停药或者减量。
同时，还需要加强护理，定期复查，积极根据具体复查结果调整治疗方案，建议尽量三个月以前进行治疗，可以避免神经系统发生不可逆损害。
