肾结石形成的原因很多，形成机制也比较复杂，如机体代谢异常、代谢性疾病、异物及一些药物都可能形成结石。
机体代谢紊乱，代谢异常使得尿中晶状物体的浓度变高或溶解度减低达到饱和的状态，使得晶体聚集最终形成结石。
代谢异常时，尿液中有些易形成结石的物质排出较前增多，例如尿液中的钙、草酸、尿酸等排出增加，导致结石在肾脏形成。
还有由于患者喝水的量减少，盐类物质和有机物的浓度变高也会加速结石形成。若局部有尿路梗阻，如肾盂输尿管连接部狭窄、马蹄肾、多囊肾等异常也是会形成结石的。
此外，肾结石的形成还与年龄、性别、职业、生活习惯等多种因素相关。
