小儿先天性心脏病的预防是三级预防：产前、孕期和产后。这三个阶段都要做好预防。
产前预防应了解父母是否有家族遗传史、不良生活习惯以及周围环境是否有污染；怀孕期间要注意饮食和药物。产前超声应该在怀孕20-28周进行，以了解心脏是否正常发育。如果发现异常，应在专科医院进行产前咨询，以确定是否可以继续妊娠，少数左心室发育不良综合征和唐氏综合征除外。大多数小儿先天性心脏病不需要终止妊娠；分娩后可以及时去专科医院，咨询专科医生制定相应的计划。
建议孕妇预防糖尿病、甲亢、高血压等代谢性疾病的发生。在怀孕期间和在备怀孕期间，一定要避免服用药物和接触辐射。
