小儿肺炎链球菌脑膜炎的症状主要有反复发热、头痛、头晕、意识障碍以及抽搐、肢体活动障碍等中枢神经系统症状，大部分患者还可能伴随有呼吸道感染症状以及循环方面的症状。具体临床表现与疾病严重程度有很大的关系。
小儿肺炎链球菌脑膜炎是革兰氏阳性球菌，主要是损害脑膜，所以就很容易出现脑膜炎的相关症状，而且容易出现脑脓肿，需要注意观察。
同时，大部分小儿肺炎链球菌是感染呼吸道以后，通过蔓延而导致的脑膜炎，所以可能存在呼吸道感染症状，比如咳嗽、流涕等。
部分严重的感染容易导致败血症、感染性休克，从而出现皮肤花斑纹、血压下降以及肢端发凉等症状。
