淋球菌检测出现阴性结果，首先需要区分是真阴性还是假阴性。
如果是假阴性的结果，治疗的方案与淋球菌感染阳性的治疗方式相同，主要以抗生素治疗为主，比如肌注头孢类药物或大观霉素类药物，病情严重者可配合口服药物进行治疗。如果是真阴性，此时需要再次进行复查，大部分是因经过有效的治疗后，患者的症状得到改善，复查淋球菌会显示阴性，这种阴性结果通常无需进行治疗。
淋球菌如果检查出假阴性结果主要与实验室检测的方案有关，临床中比较常见的淋球菌的涂片检测用于检测无并发症的男性尿道脓性分泌物，敏感性高。
