影响甲状腺癌远期预后的因素多种多样，通常与以下几个方面有关：年龄、癌灶直径大小、是否侵犯周围组织及是否有远处转移。
45-55岁是甲状腺癌的高发年龄段，通常年龄越大远期预后越差；直径在一公分以下的癌灶转移风险较小，预后良好，通常行根治术后不再复发。
当肿瘤侵犯周围的淋巴组织、大血管及其他组织器官，其远期预后较差，复发风险较高。
有远处转移的患者，如转移到肝、肺、骨骼、脑等组织，五年生存率较低，预后十分不好。
此外，分化越差的肿瘤预后越不好。分化最差的为未分化型癌和髓样癌，预后不佳；分化最好的为乳头状瘤，治愈率很高。
