房间隔缺损的治疗主要是通过手术修补的方法进行治疗。手术修补分为介入手术治疗和普通手术治疗两种方法。
介入治疗就是利用动脉导管从外周的血管切口顺着动脉进入心脏内，到达房间隔缺损的部位，然后利用修补片把房间隔缺损的位置修补起来使左右心房完全分开，不再出现血液来回流动就能增强心脏功能。这种手术对人的创伤非常小，恢复比较快，不需要体外循环等，所以是相对比较安全的。
而另一种手术是开胸手术，就是把胸部切开，然后把心脏切开到达局部，通过手术把缺损修补起来，这种手术创伤非常大，危险度非常高，所以临床上几乎不再使用。
