尖锐湿疣容易复发。尖锐湿疣的复发很常见，临床可以观察到大量尖锐湿疣根治后复发的患者，主要与治疗不彻底和机体免疫低下有关，临床上很难彻底清除患者体内HPV病毒。
尖锐湿疣虽然目前治疗方法较多，如冷冻、电烧、激光及局部用药等，而且以激光治疗作为首选免疫治疗。
HPV病毒的蛋白抗原主要在分化成熟的表皮细胞内，在基底细胞层内很少，而机体清除HPV病毒的细胞主要分布在基底细胞层中以及中层表皮中，这样抗原提呈细胞就很少有机会接触病毒抗原并提呈给免疫细胞，从而有效杀灭及清除病毒。
另外，患有尖锐湿疣病人往往免疫力低下，也是导致疾病迁延不愈的因素。
