双肾结石的发生原因和单肾结石类似，涉及到很多因素，包括代谢因素、梗阻性因素、饮食因素等。
代谢因素通常是指尿酸较高或者胱氨酸尿，会形成尿酸结石或者胱氨酸结石。
梗阻性因素是指双侧输尿管做过手术或者出现狭窄、梗阻。部分孕妇在怀孕中晚期阶段，随着胎儿增大，可能会压迫双侧输尿管，而导致两边同时有结石发生。
有些肠癌或者宫颈癌的患者，因盆腔进行手术，损伤了输尿管，也可引起两边同时出现结石。
饮食因素是指喝水过少，长期久坐，或摄入高嘌呤食物而导致。
