不一定，幽门螺杆菌阴性与是否会得贲门癌没有明确的直接关系。
贲门癌的主要病因有：胃食管反流病、食管裂孔疝、贲门肠上皮化生。
其他病因包括生活环境中的微量元素，如锌、钼、铜等的含量低；经常食用含有大量亚硝酸盐、亚硝胺化合物的食物，如泡菜等；经常食用霉变食物、霉变的坚果、不新鲜的蔬菜水果等；此外该病有家族聚集倾向，与遗传因素有关。
有一种特殊的贲门癌是由幽门螺旋杆菌感染引起的胃底黏膜癌变，进而延伸至贲门，这种称为胃底贲门癌。
