颅底脊索瘤根治率不高。
脊索瘤虽然从病理类型上为良性肿瘤，但具备恶性肿瘤的特性，首先肿瘤包膜不完整，同时呈浸润性生长，容易侵犯周围的脑组织和重要的神经血管，并且位置特别深，有时可以出现转移，所以很难彻底手术切除。手术以后的复发率接近100%，在确诊后大多数会在数年内死亡，所以颅底脊索瘤需要按照恶性肿瘤对待。
在临床上颅底脊索瘤的生存率比较低，5年生存率不到50%。针对颅底脊索瘤的主要治疗方法为手术放射治疗，手术切除仍为首选治疗方法，术后可以再进行放射治疗，能够延缓肿瘤的生长，从而可以延长生存的时间。
