萎缩性胃炎的治疗原则是消除病因，增加胃黏膜防御，改善胃动力，预防胆汁反流，改善和预防胃癌的发生。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。萎缩性胃炎患者若有幽门螺杆菌感染，要进行根除幽门螺杆菌感染治疗，目前最好的治疗方法为四联疗法治疗，就是一种质子泵抑制剂加两种抗生素加一种铋剂，一般治疗14天后复查。
当患者出现胃黏膜糜烂，或者有胃烧灼感、反酸、上腹饱胀、早饱、嗳气、胆汁反流等症状时，还可以应用胃黏膜保护剂、胃动力促进剂、H2抗体拮抗剂及抗酸剂治疗。
