胃肠道间质瘤晚期的患者如果存在基因突变时，应用靶向药物治疗，并且根据用药后的情况，来选择是否考虑手术治疗。
胃肠间质瘤晚期一般情况下指的是肿瘤直径明显较大，甚至出现局部组织器官的侵犯或远处部位的转移，而这种情况下的治疗原则主要是给予活检明确性质，并给予基因检测了解是否存在基因突变。
如果存在基因突变时，应用靶向药物治疗，并且定期复查了解病情的变化，服药半年后，可根据具体情况考虑是否有手术的可能性。如果无疾病突变的话，则应给予全身化疗及对症治疗，以延长生存周期。
