胃间质瘤主要依靠病理诊断确诊。但由于这种疾病的特殊性，临床上多数情况下以胃镜加CT或超声内镜等方法给予临床确诊。
胃间质瘤是一种来源于胃壁肌层间或浆膜下的肿瘤，与胃癌这种来源于上皮组织的恶性肿瘤通过胃镜加病理活检确诊的方法不同，由于前者肿瘤多数情况下在黏膜下，所以一般活检不易取到，甚至可导致肿瘤细胞转移或者消化道大出血等情况的出现。
因此胃间质瘤这种疾病多数情况下主要依靠胃镜发现后，结合患者腹部CT、超声内镜等方法，来判断间质瘤的具体位置、大小、起源，有无局部浸润及周围转移情况等，然后直接给予手术治疗，根据术后的病理检查进一步确诊。
