子宫囊肿和卵巢囊肿是不一样的，生长的部位和囊肿的性质都是不同的。
子宫囊肿一般指的是子宫颈腺囊肿也叫宫颈纳氏囊肿，多指子宫颈的生理变化，鳞状上皮阻塞腺管口，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症，使腺管口狭窄，也可导致子宫颈腺囊肿形成。
卵巢囊肿主要长在卵巢或者卵巢周围的部位。卵巢囊肿有可能是生理性的，也有可能是病理性的。病理性的囊肿有浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤、巧克力囊肿、畸胎瘤等，一般需要手术切除。
