马拉色菌毛囊炎一般不会自愈，具体转归存在个体差异。
马拉色菌毛囊炎是一种真菌感染性疾病，真菌感染性疾病大多都没有自愈倾向，在不进行治疗的情况下，马拉色菌毛囊炎会逐渐发展，病情进一步加重、皮损面积扩大，或者发展为慢性炎症，反复发作，最终有可能导致毛囊结构破坏、萎缩，毛发脱落，甚至引起永久性脱发症状。
而且，马拉色菌毛囊炎的患病原因大多与免疫系统功能下降、个人卫生习惯不良有关，如果不对这些致病因素进行干预，也影响预后和转归，导致毛囊炎迁延不愈。
